蜡笔小新受欢迎的程度，不仅仅是在小银幕中，继蜡笔小新：不理不理王国的秘宝(电影版)大受观众喜爱后，新的一集电影版蜡笔小新：云黑斋的野心中，小新一家人继续接受新的挑战。剧情描述未来人歇鲁跑到日本的战国时代改变了历史，时空巡逻队铃可发现了异状，正预备前往，没想到在时光隧道中遭受到攻击，不小心掉进二十世纪的小新家，于是野原一家踏上时光之旅回到战国时代。遇见了吹雪丸的他们，与他一同前往云黑城，打倒化身为云黑斋改变历史的坏蛋歇鲁，没想到的是歇鲁居然躲过攻击，还逃到了二十世纪。原以为可以回到家乡的野原一家，回到二十世纪后，发现时代已经被改变了，这一切竟又是歇鲁搞的鬼...